La historia de este inmueble tiene su comienzo en 1632 tras la denuncia del Cabildo gaditano de los problemas sanitarios que sufría la ciudad al no poder atender el Hospital de la Misericordia a los soldados y marineros enfermos. A partir de ahí, el Hospital Real nació tras la propuesta realizada al Cabildo por parte de Fray Pedro de Magallanes el 16 de enero de 1668 para la instalación de un nuevo centro sanitario en la ciudad. Su construcción se pudo realizar tras el acuerdo entre el Campo Santo y la capilla del Santo Ángel.
En 1748, con la dirección de Pedro Virgili, se transformaría el edificio en el Real Colegio de Cirugía de la Armada, en el que se formaron los profesionales de esta especialidad, dando paso a la actual Facultad de Medicina, de la que saldría la Universidad de Cádiz.